動物內窺鏡分為兩大類：軟質內窺鏡和硬質內窺鏡

1、軟質內窺鏡

軟質內窺鏡可以沿彎曲的路徑向前伸，通常用于具有彎曲或彎曲的管道或帶有官腔的解剖部位（胃腸道、呼吸道、雄性泌尿道等）。

軟質內窺鏡有兩種：纖維內窺鏡和視頻內窺鏡。纖維內窺鏡通過玻璃纖維束傳送圖像，而視頻內窺鏡利用計算機技術進行圖像傳輸。兩種內窺鏡的視頻圖像都可以傳送到監視器上，但纖維內窺鏡需要配備一個內窺鏡攝像機。多數獸醫選擇纖維內窺鏡，因其價格便宜，而且帶有可以拆卸的內窺鏡攝像機，此攝像機還可用于其他硬質內窺鏡等。

2、硬質內窺鏡

硬質內窺鏡是高質量的醫療級內窺鏡，不能彎曲；但有不同的視角和視野，術者可以用過不同型號的內窺鏡從不同方向進行觀察。用來檢測沒有孔道或官腔的體腔（腹腔、胸腔、關節、口腔、禽的體腔、爬行動物等）。

在小動物診療中，用得最多的硬質內窺鏡有：耳鏡、膀胱鏡、腹腔鏡、胸腔鏡、關節鏡、鼻鏡。

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